综合科：负责中心文秘、信息、档案、保密、信访、督查、宣传、会务、接待、安全保卫、综合治理、党务、人事、劳动工资、老干部、考勤、固定资产、物业管理、车辆管理等工作。
财务科：负责财务管理、固定资产管理、医疗保健卫生、计划生育等工作。
海洋增殖放流管理科：承担全省海洋增殖放流的管理工作，包括组织实施全省海洋增殖放流规划、组织省级海洋渔业增殖站布局选划、拟定年度省级海洋增殖放流计划方案、指导市县编制本级投资海洋增殖放流计划、制定海洋增殖放流项目实施监督方案、督查海洋增殖放流实施情况、起草有关海洋增殖放流技术规范等。
淡水增殖放流管理科：承担全省淡水增殖放流的管理工作，包括组织实施全省淡水增殖放流规划、组织省级淡水渔业增殖站布局选划、拟定年度省级淡水增殖放流计划方案、指导市县编制本级投资淡水增殖放流计划、制定淡水增殖放流项目实施监督方案、督查增殖放流实施情况、起草有关淡水增殖放流技术规范等。
资源监测与利用管理科：承担全省水生生物增殖保护区的选划，水生生物资源调查、监测、评价和合理利用，增殖资源回捕生产统计分析、增殖效果评价、渔情信息发布以及海洋捕捞作业结构调整、新渔具渔法的择定等工作。
海洋牧场建设管理科：承担全省海洋牧场规划建设的组织实施工作，包括组织实施全省人工鱼礁建设规划、负责全省人工鱼礁建设技术规范的制定和省级海洋牧场认定、负责全省人工鱼礁建造行政许可审批和备案、组织开展人工鱼礁相关科研，进行新技术引进、研发与推广等。
休闲海钓管理科：负责全省休闲海钓的管理工作，包括组织实施全省休闲海钓业发展规划、组织省级休闲海钓基地及省级海钓钓场评定、海钓赛事审批、钓船建造前审核、导钓员培训、“渔夫垂钓”品牌管理等相关工作。
养护技术试验室：组织开展全省水生生物资源养护新品种、新技术的试验、示范等工作。
信息科：负责中心信息化建设有关具体工作，包括中心电子政务网络平台、手机平台、网站等的建设、运行、维护工作。负责中心信息宣传工作。负责《齐鲁渔业》杂志出版发行工作。